Kontrola podatkowa a kontrola celno-skarbowa – różnice, przebieg, uprawnienia. Jak zmiany w 2026 roku i KSEF wpłyną na Twoją firmę?
W latach 2019-2024 Krajowa Administracja Skarbowa przeprowadziła ponad 117,5 tysiąca kontroli podatkowych i celno-skarbowych, ujawniając nieprawidłowości na łączną kwotę przekraczającą 45 miliardów złotych. Dane te jednoznacznie wskazują na rosnącą skuteczność fiskusa w wykrywaniu uchybień. Jednak 2025 rok przyniósł przełomowe zmiany w strategii i organach kontroli – mniej kontroli, ale znacznie wyższe ustalenia. Równocześnie na horyzoncie pojawiło się wielkie wyzwanie dla wszystkich firm: obowiązkowy system KSeF, który od lutego 2026 roku zmieni fundamenty zarządzania fakturami i sprawi, że przejrzystość rozliczeń podatkowych osiągnie nowy poziom.Dla przedsiębiorców oznacza to konieczność nie tylko reagowania na zwiększoną aktywność kontrolną, lecz przede wszystkim odpowiedniego przygotowania do kontroli, które będą bardziej ukierunkowane i efektywne, oraz wdrożenia nowych procedur związanych z elektronicznym fakturowaniem. Tym bardziej, że zmiany legislacyjne wprowadzone w październiku 2025 roku dały podatnikom dodatkowe narzędzia ochronne, ale zarazem wymagają głębszego zrozumienia procedur kontrolnych.Czym się różni kontrola podatkowa od kontroli celno-skarbowej?
Choć obie procedury mają wspólne cechy i służą weryfikacji prawidłowości rozliczeń podatkowych, nie można ich utożsamiać. Różnice są istotne zarówno z perspektywy zakresu uprawnień organów, jak i ochrony podatnika.Podstawy prawne i zakres kontroli
Kontrola podatkowa prowadzona jest na gruncie Ordynacji podatkowej, a w przypadku przedsiębiorców – również zgodnie z przepisami Prawa przedsiębiorców. To powinno dawać kontrolowanym szersze narzędzia ochronne, m.in. ograniczenia w długości trwania kontroli. Kontrola podatkowa ma na celu sprawdzenie, czy podatnicy, płatnicy, inkasenci i ich następcy prawni wywiązują się z przepisów prawa podatkowego.Kontrola celno-skarbowa natomiast opiera się na ustawie o Krajowej Administracji Skarbowej. Prawo przedsiębiorców nie znajduje tu zastosowania, co ogranicza zakres ochrony kontrolowanego. Przepisy ustawy o KAS przyznają organom znacznie szersze uprawnienia niż te, które obowiązują w zwykłej kontroli podatkowej. Zakres kontroli celno-skarbowej wykracza poza podatki i obejmuje dodatkowo np. przestrzeganie przepisów prawa celnego, przepisów o przeciwdziałaniu praniu pieniędzy i finansowaniu terroryzmu, czy weryfikację cen transferowych.Skala ustaleń – różnica w efektywności
Dane za lata 2019–2024 pokazują istotną różnicę w skali odkrywanych nieprawidłowości. Kontrola celno-skarbowa generowała średnio 1,2 mln zł wykrytych nieprawidłowości na jedno postępowanie, podczas gdy w przypadku kontroli podatkowej było to ok. 200 tys. zł. Ta różnica wynika z faktu, że kontrole celno-skarbowe kierowane są głównie na przypadki bardziej poważnych nadużyć i oszustw, podczas gdy kontrole podatkowe czasem mają charakter bardziej rutynowy.Jednak sytuacja zmienia się w 2025 roku. Dane Krajowej Administracji Skarbowej pokazują, że fiskus znacznie bardziej ukierunkował swoje działania, stawiając na efektywność zamiast ilości.Kontrole podatkowe i celno-skarbowe w 2025 roku – nowa strategia KAS
Rok 2025 przyniósł przełomową zmianę w podejściu Krajowej Administracji Skarbowej. Zamiast prowadzenia masowych kontroli, fiskus skupił się na działaniach bardziej precyzyjnych, wspartych zaawansowanymi technologiami analitycznymi. Wyniki tego nowego podejścia są imponujące.Statystyki z 2025 roku
W 2025 roku KAS przeprowadziła 2,64 mln działań w zakresie weryfikacji prawidłowości rozliczeń podatkowych – wzrost o 9,4% w porównaniu z 2024 rokiem. Jednak liczba samych kontroli formalnych spadła. Wzrosła natomiast liczba czynności sprawdzających, które są szybszą i mniej dotkliwą dla podatnika formą weryfikacji. Ustalenia z kontroli wzrosły o 29,1%, z 14,76 miliardów złotych do 19,05 miliardów złotych – to pokazuje drastycznie zwiększoną efektywność.Kontrole celno-skarbowe: liczba przeprowadzonych kontroli spadła o 27,4% (z 7043 w 2024 r. do 5113 w 2025 r.), ale kwota ustaleń wzrosła o 46,4%, z 4,45 miliardów złotych do 6,52 miliardów złotych. To oznacza, że KAS lepiej typuje podmioty do kontroli, skupiając się na rzeczywistych nadużyciach.Kontrole podatkowe: liczba kontroli spadła o 11,3% (z 9829 w 2024 r. do 8722 w 2025 r.). Spadek ten spowodowany jest zwiększoną ilością realizowanych czynności sprawdzających – organ podatkowy preferuje bowiem szybkie wyjaśnienie wątpliwości zamiast formalnego wszczęcia kontroli, które jest dla podatnika bardziej uciążliwe.Czynności sprawdzające: ta forma weryfikacji zyskała istotnie na znaczeniu. W 2025 roku kwoty ustaleń w ramach czynności sprawdzających wzrosły o ponad 2,4 miliardów złotych w stosunku do 2024 roku, co stanowi wzrost bliski 28%. Liczba przeprowadzonych czynności wzrosła o 9,6%. W praktyce oznacza to, że podatnicy coraz częściej otrzymują zawiadomienia o wyjaśnieniach wątpliwości, zanim do dojdzie do formalnej kontroli.Fikcyjne faktury – priorytet KAS
Jednym z kluczowych obszarów działalności KAS w 2025 roku było zwalczanie nadużyć związanych z fikcyjnymi fakturami. Wykryto ich aż 376,8 tysiąca – wzrost o 29% w stosunku do 2024 roku. Wartość tych faktur przekroczyła 10,9 miliardów złotych wobec 8,71 miliardów złotych rok wcześniej. To najwyższy wynik od 2017 roku i wyraźny sygnał, że oszustwa VAT pozostają w centrum uwagi fiskusa.Branże szczególnie narażone na weryfikację to gastronomia, budownictwo, warsztaty samochodowe, usługi beauty i handel internetowy. Przedsiębiorcy działający w tych branżach powinni być szczególnie ostrożni przy wyborze dostawców i weryfikacji autentyczności dokumentów księgowych.Zmiana paradygmatu: z ilości na jakość
Strategie KAS wyraźnie zmieniła się z modelu ilościowego na model jakościowy. Zmniejszenie liczby kontroli przy jednoczesnym istotnym wzroście kwot ustaleń oznacza skuteczniejsze wykorzystanie narzędzi analitycznych, w tym typowania podmiotów na podstawie analizy ryzyka, danych z Jednolitych Plików Kontrolnych (JPK) oraz informacji z systemów teleinformatycznych administracji skarbowej.Dla podatników ma to dwa kluczowe znaczenia:Po pierwsze, maleje prawdopodobieństwo przypadkowej kontroli, ale rośnie ryzyko weryfikacji w przypadku jakichkolwiek anomalii w rozliczeniach. Fiskus dysponuje dziś rozbudowanymi narzędziami analitycznymi – wykorzystywane są dane z deklaracji podatkowych, Jednolitych Plików Kontrolnych, systemu STIR, hurtowni danych, raportów systemowych, analiz cen transferowych, zgłoszeń MDR, sprawozdań z KRS, czy rejestru CRBR. Coraz częściej sięga też po dane ogólnodostępne – takie jak media społecznościowe, platformy sprzedażowe, czy informacje publikowane na stronach internetowych.Po drugie, coraz większe znaczenie mają czynności sprawdzające – często niedoceniane, a w praktyce stanowiące pierwszy etap pogłębionej analizy rozliczeń. W warunkach rosnącej precyzji działań KAS strategia „reaktywna” może okazać się niewystarczająca. Przewagę zyskują podmioty, które zarządzają ryzykiem podatkowym w sposób systemowy, a nie incydentalny.Proceduralne zmiany od 1 października 2025 roku
Nowelizacja ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej z 24 czerwca 2025 roku przyniosła istotne zmiany w procedurach kontroli celno-skarbowej, które dały podatnikom więcej elastyczności i uprawnień ochronnych. Choć zmiany te wydają się technicznym szczegółem, w praktyce mogą znacznie zmienić przebieg kontroli i konsekwencje dla podatnika.Możliwość złożenia deklaracji pierwotnej po wszczęciu kontroli
Jedno z najważniejszych zmian dotyczy możliwości złożenia deklaracji pierwotnej po wszczęciu kontroli celno-skarbowej. Do tej pory obowiązywała zasada, że po doręczeniu upoważnienia do kontroli podatnik mógł jedynie skorygować wcześniej złożoną deklarację. Od 1 października 2025 roku sytuacja uległa fundamentalnej zmianie – kontrolowany może teraz złożyć „pierwotną” deklarację w zakresie objętym kontrolą, nawet jeśli nie złożył wcześniej żadnej deklaracji.W praktyce to oznacza, że jeśli podatnik nie złożył deklaracji VAT, przychodu czy innego podatku w sprawie objętej kontrolą, może teraz złożyć deklarację pierwotną zamiast korekty, jeśli dokona tego w terminie 14 dni od doręczenia upoważnienia do kontroli. Ta zmiana wyeliminowała wątek proceduralny, który wcześniej utrudniał podatnikom zalegalizowanie błędów – nie można bowiem korygować czegoś, czego się nie złożyło.Jeśli kontrolowany złoży taką deklarację w terminie 14 dni i zostanie uwzględniona przez naczelnika urzędu celno-skarbowego, kontrola celno-skarbowa zostanie zakończona stosownie do przepisów. Oznacza to, że nie będzie potrzeby dalszego postępowania podatkowego – błąd zostanie naprawiony w fazie kontroli.Składanie korekty tylko części nieprawidłowości
Druga zmiana dotyczy możliwości korygowania tylko części stwierdzonych nieprawidłowości. Do tej pory procedura wymagała, aby kontrolowany zgodził się na całość ustaleń kontrolujących albo wszedł w konflikt na całym froncie. Od 1 października 2025 roku podatnik może złożyć korektę deklaracji uwzględniającą tylko część nieprawidłowości, z którymi się zgadza, i jednocześnie nie zgodzić się z innymi ustaleniami.Konsekwencją takiego podejścia jest przekształcenie kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe, ale postępowanie to będzie ograniczone tylko do części stwierdzonych nieprawidłowości, z którymi kontrolowany się nie zgadził. To znacznie zawęża przedmiot sporu i może zaoszczędzić podatnikowi całych lat procesu.Możliwość kontestacji wyniku w części
Trzecia zmiana uległa zapisom dotyczącym kontestacji wyniku kontroli. Teraz podatnik może skutecznie kontestować wynik kontroli nie tylko w całości, ale także w części. To zmiana o istotnym znaczeniu praktycznym, bo pozwala podatnikowi osiągnąć częściowy sukces – może zgodzić się z organem w kwestiach, w których ma słabszą pozycję, a stanowczo bronić swoich stanowisk w sprawach spornych.Wszystkie te zmiany weszły w życie z dniem 1 października 2025 roku i dotyczą zarówno kontroli już trwających, jak i kontroli rozpoczętych po tej dacie.Procedura kontroli – co się nie zmieniło
Wszczęcie kontroli i prawo do skorygowania deklaracji
W przypadku kontroli podatkowej podatnik otrzymuje zawiadomienie o zamiarze jej wszczęcia, które zawiera m.in. określenie zakresu kontroli. Zgodnie z nowelizacją Ordynacji podatkowej, zawiadomienie to musi również zawierać wstępną listę dokumentów i informacji, których organ oczekuje w toku kontroli.Kontrola może zostać wszczęta nie wcześniej niż po 7 dniach i nie później niż w ciągu 30 dni od doręczenia zawiadomienia. Po tym terminie konieczne jest ponowne doręczenie zawiadomienia. W okresie między doręczeniem zawiadomienia a formalnym rozpoczęciem kontroli, podatnik ma prawo do złożenia korekty deklaracji i może w ten sposób uniknąć negatywnych konsekwencji ewentualnych błędów. Po wszczęciu kontroli uprawnienie to zostaje zawieszone i przysługuje ponownie dopiero po zakończeniu kontroli, które następuje poprzez doręczenie protokołu kontroli.Warto pamiętać, że choć przepisy przewidują obowiązek zawiadamiania o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej, w latach 2019-2024 tylko w 1 na 10 przypadków podatnika zawiadamiano o zamiarze rozpoczęcia działań kontrolnych.Kontrola celno-skarbowa wszczynana jest bez uprzedniego zawiadomienia, na podstawie doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej. Podobnie jak w przypadku kontroli podatkowej, w szczególnych przypadkach kontrola celno-skarbowa może zostać wszczęta jedynie na podstawie okazanej legitymacji służbowej.Ustawodawca przewidział możliwość działania ze strony podatnika: w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli, możliwe jest złożenie korekty deklaracji w zakresie objętym kontrolą. Po upływie 14 dni prawo to zostaje zawieszone aż do momentu zakończenia kontroli, które następuje poprzez doręczenie wyniku kontroli celno-skarbowej.Czas trwania i miejsce prowadzenia kontroli
Kontrola podatkowa może być prowadzona w siedzibie podatnika, w miejscu przechowywania dokumentacji lub za zgodą kontrolowanego w urzędzie skarbowym. Czas trwania kontroli podatkowej prowadzonej wobec przedsiębiorców jest ograniczony zgodnie z ustawą Prawo przedsiębiorców do 6, 18, 24 lub 48 dni roboczych rocznie, w zależności od wielkości firmy.Średni czas trwania kontroli podatkowej zakończonej w latach 2019-2024 wyniósł 113 dni.Kontrola celno-skarbowa może być prowadzona w większej ilości miejsc: od siedziby podatnika, przez miejsca przechowywania dokumentacji, po lokale prywatne – jeśli istnieje uzasadnione podejrzenie, że znajdują się tam dokumenty lub towary istotne dla sprawy. Przepisy nie określają limitów trwania kontroli celno-skarbowej – ustawa o KAS przewiduje 3-miesięczny termin zakończenia, ale jest on wielokrotnie przedłużany.Średni czas trwania kontroli celno-skarbowej zakończonej w latach 2019-2024 wyniósł 332 dni.Zakończenie kontroli i korygowanie rozliczeń
Kontrola podatkowa kończy się z chwilą doręczenia kontrolowanemu protokołu kontroli, zaś kontrola celno-skarbowa – wyniku kontroli. Po kontroli podatkowej kontrolowany ma prawo do wniesienia, w ciągu 14 dni od dnia zakończenia kontroli, zastrzeżeń lub wyjaśnień do otrzymanego protokołu.Jeżeli kontrolowany w pełni zgadza się z ustaleniami kontrolujących, powinien złożyć deklaracje korygujące. W przeciwnym wypadku w ciągu 6 miesięcy od dnia doręczenia protokołu kontroli organ podatkowy rozpocznie postępowanie podatkowe, które może zakończyć się wydaniem decyzji określającej zobowiązanie podatkowe.W przypadku kontroli celno-skarbowej kontrolowanemu nie przysługuje prawo do wniesienia zastrzeżeń lub wyjaśnień – zmiana z 1 października 2025 roku nie dotyczyła tego procedury, choć dała możliwość częściowego nesowiska w rozliczeniach. Jeśli kontrolowany nie zgadza się z ustaleniami kontroli celno-skarbowej i nie dokona korekty w terminie 14 dni od doręczenia wyniku kontroli, w ciągu 6 miesięcy kontrola celno-skarbowa zostanie przekształcona w postępowanie podatkowe.System KSEF – przyszłość wszystkich firm
Jeśli kontrole podatkowe i celno-skarbowe dotyczą skali i sposobu weryfikacji, to Krajowy System e-Faktur (KSEF) zmienia samą naturę tego, co i jak będzie weryfikowane. Od 1 lutego 2026 roku KSEF stanie się obowiązkowy dla coraz większych grup przedsiębiorców, a jego wdrożenie będzie jednym z największych wyzwań dla polskich firm od dekady.Co to jest KSEF?
Krajowy System e-Faktur to platforma teleinformatyczna Krajowej Administracji Skarbowej umożliwiająca wystawianie, przesyłanie, otrzymywanie i archiwizowanie faktur ustrukturyzowanych. Faktury w systemie mają format XML (ustrukturyzowany), a nie zwykły PDF czy dokument Word. Oznacza to, że każdy element faktury – numer, kwota, VAT, dane nabywcy – jest umieszczony w specjalnym polu, które system automatycznie czyta i analizuje.W praktyce KSEF zmienia kilka fundamentalnych rzeczy. Po pierwsze, faktury wysyłane są bezpośrednio do systemu rządowego, a nie mailem do kontrahenta. Po drugie, system automatycznie archiwizuje wszystkie faktury przez 5 lat. Po trzecie – i to istotne dla fiskusa – organy podatkowe mają dostęp do wszystkich faktur w rejestrach i mogą je analizować w czasie rzeczywistym.Harmonogram wdrażania KSEF
Wdrożenie KSEF będzie przebiegało etapowo, co daje firmom czas na przygotowanie, ale zarazem nie pozostawia złudzeń – wszystkie firmy będą musiały do niego przejść.Etap 1 – od 1 lutego 2026 roku:Od 1 lutego 2026 roku obowiązek wystawiania faktur w KSEF obejmie duże firmy, których wartość sprzedaży (wraz z podatkiem VAT) przekroczyła 200 milionów złotych w 2024 roku. Jednak już od tego dnia wszystkie firmy, niezależnie od wielkości, będą musiały odbierać faktury przez KSEF. To oznacza, że nawet jeśli Twoja firma nie ma obowiązku wystawiania w systemie, będziesz musiał odbierać faktury od dużych kontrahentów za pośrednictwem KSEF. Faktury od nich nie będą już przychodziły mailem – pojawią się w Twoim koncie w systemie.Etap 2 – od 1 kwietnia 2026 roku:Od 1 kwietnia 2026 roku obowiązek obejmie wszystkich pozostałych przedsiębiorców – małe firmy, jednoosobowe działalności gospodarcze, mikroprzedsiębiorstwa, spółki z ograniczoną odpowiedzialnością, a także podatników zwolnionych z VAT. Praktycznie wszyscy, którzy wystawiają faktury w relacjach B2B (między firmami), będą musieli korzystać z KSEF.Ustawodawca przewidział jednak bufor – limit 10 tysięcy złotych brutto na faktury wystawiane poza KSEF w danym miesiącu. To oznacza, że do 31 grudnia 2026 roku podatnik może wystawić faktury na łączną kwotę do 10 tysięcy złotych miesięcznie poza systemem, ale jeśli przekroczy ten limit – od tej faktury musi przejść na KSEF.Do końca 2026 roku będą obowiązywać przepisy przejściowe: brak kar za błędy w KSEF, możliwość wystawiania faktur z kas rejestrujących, oraz brak obowiązku podawania numeru KSEF w płatnościach.Etap 3 – od 1 stycznia 2027 roku:Od 1 stycznia 2027 roku limit 10 tysięcy złotych znika, a KSEF staje się obowiązkowy dla wszystkich bez wyjątku. Brak limitu oznacza, że każda faktura w relacjach B2B musi być wystawiona w systemie. Okres przejściowy się kończy, a wraz z nim kończy się tolerancja dla błędów.Obowiązek odbierania faktur
Ważnym elementem, który wielu przedsiębiorców przeoczył, jest obowiązek odbierania faktur w KSEF. Od 1 lutego 2026 roku każdy podatnik wystawiający faktury w VAT musi być w stanie odbierać faktury przez KSEF, niezależnie od tego, czy sam już wystawia w systemie.W praktyce oznacza to, że nawet mikrofirma, która dopiero od kwietnia będzie wystawiać faktury w KSEF, już od lutego musi móc odbierać faktury od swoich dużych dostawców w systemie. Jeśli tego nie zrobi – faktury jej nie dojdą, a to może spowodować problemy z podatkiem VAT, bo faktury stanowią podstawę do odliczeń.Konsekwencje dla firm
Wdrażanie KSEF stwarza zarówno wyzwania, jak i pewne korzyści dla firm:Wyzwania:Pierwszym wyzwaniem jest integracja systemów informatycznych. Większość firm korzysta z programów księgowych, e-commerce’owych czy systemów ERP. Wszystkie te systemy musiały albo zostać zaintegowane z KSEF, albo firmy musiały wdrożyć nowe procedury ręcznego wysyłania faktur do systemu. Duże firmy mogły sobie pozwolić na taką integrację; małe firmy nieraz stoją przed koniecznością poniesienia znacznych nakładów.Drugim wyzwaniem jest zmiana procesów biznesowych. Dotychczasowy obieg faktury – od wystawienia, przez maila do odbiorcy, aż do faktury papierowej w archiwum – zmienia się diametralnie. Faktury teraz trafiają bezpośrednio do systemu rządowego. Wymaga to przeszkolenia pracowników i dostosowania procedur.Trzecim wyzwaniem jest kwestia certyfikatów i dostępu do systemu. Każdy użytkownik KSEF musi się w systemie uwierzytelnić – można to zrobić za pomocą profilu zaufanego, bankowości elektronicznej, e-dowodu, certyfikatu KSeF, lub innych metod. Dla wielu małych firm to dodatkowy obowiązek administracyjny.Korzyści:Jednak KSEF niesie ze sobą też korzyści. Elektroniczne archiwum faktur przez 5 lat eliminuje ryzyko utraty dokumentacji. Automatyczne wysyłanie do systemu rządowego znacznie zmniejsza ryzyko błędów procedury. Możliwość automatyzacji poprzez API pozwala dużym firmom na pełną integrację. A dla fiskusa – dostęp do danych w czasie rzeczywistym znacznie ułatwia kontrole.KSEF i nowe możliwości kontroli
Wdrażanie KSEF jest również strategią rządową do zwiększenia przejrzystości rozliczeń podatkowych i zwalczania oszustw VAT. Gdy wszystkie faktury będą w centralnym systemie, będzie niemal niemożliwe wystawianie fikcyjnych faktur bez bycia wykrytym. Fiskus będzie mógł w czasie rzeczywistym monitorować przepływy towarów i usług, porównywać faktury wystawione z fakturami otrzymanymi i natychmiast identyfikować rozbieżności.W połączeniu z analizami ryzyka bazującymi na algorytmach i sztucznej inteligencji (takie jak system ARANEA stosowany przez KAS), KSEF tworzy nowe możliwości dla organów podatkowych. Podatnicy nie będą już w stanie ukryć części obrotu – każda transakcja B2B będzie zarejestrowana w centralnym systemie.Podsumowanie i rekomendacje
Dla podatników rok 2025 przyniósł zarówno pozytywne zmiany (lepsze procedury w kontrolach celno-skarbowych, możliwość bardziej elastycznego reagowania), jak i zarazem postawił przed nimi nowe wyzwania (zwiększona precyzja kontroli, przygotowanie na KSEF).Wyraźnie widać, że fiskus zmienia strategię z masowych kontroli na inteligentną analizę ryzyka. Oznacza to, że:Polska zmienia się na naszych oczach – fiskus zostaje cyfrowy, precyzyjny i trudny do oszukania. Firmy, które się do tego przygotują, zyskają przewagę konkurencyjną i spokój ducha. Te, które będą czekać – mogą stanąć przed niespodziankami.References
[1] Kontrola podatkowa a kontrola celno-skarbowa – różnice, przebieg, uprawnienia
[3] USTAWA z dnia 24 czerwca 2025 r. o zmianie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej
Dodaj komentarz